理事會是學校的決策機構。其成員由深圳市人民政府代表、南科大管理團隊代表、教職工代表和社會知名人士等組成，由深圳市人民政府聘任。其主要職能包括聘任或解聘校長，根據校長提議聘任或解聘副校長，審定學校章程及財務預、決算報告，審批學校中長期發展規劃、年度工作總結和計劃，審批學校人力資源等重大制度，決定行政單位和學術單位的廢立及學校其他重大事項。

中共南方科技大學委員會是學校的領導核心，履行《中國共產黨章程》、《中華人民共和國高等教育法》、《中國共產黨普通高等學校基層組織工作條例》和《南方科技大學管理暫行辦法》等規定的各項職責，把握學校發展方向，決定校內重大問題，監督黨、國家、政府和理事會作出的重大決策決議的執行，支持校長依法獨立負責地行使職權，保證完成以人才培養為中心的各項任務。

根據《南方科技大學章程》規定，黨政聯席會是學校黨委和行政領導共同研究決定學校改革發展建設中的重要行政管理事項的會議，會議應貫徹執行民主集中制，按照“集體領導、民主集中、個別醞釀、會議決定”的原則討論決定重要事項。

根據《南方科技大學章程》規定，校長辦公會議是學校行政議事決策機構，主要研究處理重大教學、科研、行政管理工作。校長辦公會議堅持科學決策、民主決策、依法決策。討論決定學校重大問題，應在調查研究基礎上提出建議方案，經領導班子成員溝通醞釀且無重大分歧后提交會議討論決定。