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2021年我校教師發表學術論文6088篇，其中SCI論文4448篇;授權專利355項。自然指數FC值連年提高，2021年南科大自然指數FC值為234.31，在中國大學自然指數排行榜中排名第12位，在世界大學自然指數排行榜中排名第37位。ESI學科表現情況中，在繼我校化學、材料科學、工程類學科、臨床醫學學科四個學科相繼進入ESI全球前1%學科后，環境/生態科學也成功挺進 ESI全球前1%學科。

在科研獎勵方面，我校教師2021年度獲得各級各類獎勵61項，其中所獲政府類獎勵22項，包括醫學院講席教授裴國獻榮獲2020年國家科技進步一等獎（第一完成人，依托第四軍醫大學），化學系講席教授夏海平榮獲2020年國家科學技術二等獎（第一完成人，依托廈門大學），化學系助理教授楊烽榮獲2020年國家自然科學二等獎（第二完成人，依托北京大學），化學系講席教授譚斌團隊榮獲2020年廣東省自然科學一等獎，為我校首次以第一完成單位獲得的省級一等獎。所獲社會力量獎勵25項，包括生命科學學院講席教授、院長張明杰榮獲生命科學領域頂級獎勵“談家楨生命科學成就獎”，醫學院講席教授王鵬榮獲“張樹政糖科學杰出成就獎”，環境學院助理教授王俊堅榮獲中國環境科學學會青年科學金獎，為全國10位金獎獲得者之一。所獲國外科技獎勵14項，包括科研部副部長、環境學院講席教授鄭焰入選美國地球物理聯合會會士（AGU Fellow），是美國地球物理聯合會成立以來我國（含港澳臺）第22位獲此殊榮的科學家。

2021年，南方科技大學在Nature、Science、Cell期刊上發表25篇（其中10篇一作/通訊作者單位）。

南方科技大學知識苑

南方科技大學知識苑（英文名稱SUSTech Knowledge Commons，簡稱SUSTech KC）是由圖書館聯合學校科研部、網絡信息中心與試點院系共同建設，用于收集、保存、展示與傳播南科大師生在校期間創造的學術成果管理平臺，是學校知識基礎設施的重要組成部分。自2020年3月起，該平臺作為我校教職工年度考核與院系年度考核科研論文與專著數據的權威來源。