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南方科技大學穩步推進各類科研平臺建設，截至2021年底，獲批建設2個國家級科研平臺、27個省部級科研平臺、53個市級科研平臺，其中包括1個國家應用數學中心、1個生態環境部重點實驗室、1個教育部工程研究中心、1個教育部重點實驗室、2個粵港澳聯合實驗室、9個廣東省重點實驗室、7個廣東省普通高校重點實驗室、1個粵港澳高校聯合實驗室、1個廣東省工程研究中心、2個廣東省工程技術研究中心、1個廣東省實驗室深圳分部、1個廣東省人文社科普及基地、29個深圳市重點實驗室、6個深圳市工程實驗室、5個深圳市工程研究中心、1個深圳市材料基因組大設施平臺、1個十大基礎研究機構、3個諾獎實驗室、1個產業鏈協同創新公共服務平臺、4個市級文科重點研究基地、1個深圳市創新創業基地，2個南山區創新機構。